2016年，清远市根据《广东省出生缺陷综合防控项目管理方案的通知》精神，启动实施出生缺陷综合干预工作，并列入清远市民生实事工程，市政府作为牵头单位推动落实，市卫健局（原市卫计局）指定清远市妇幼保健院为地市级出生缺陷综合干预中心，2018年12月21日清远市出生缺陷综合干预中心通过省级验收，全面负责清远地区出生缺陷筛查和诊断监测技术指导与培训工作。
    清远市妇幼保健院2005年成为清远市新生儿疾病筛查中心，2013年成为广东省地中海贫血诊断中心清远筛查分中心；2016年经省卫生厅批准取得产前诊断资质；2018年通过省级验收成为地市级出生缺陷综合干预中心，全面负责清远市出生缺陷筛查、诊断及技术指导工作。
    中心共有医务人员53人，设备60多台套，设备总值约4000万元，业务用房2000多平方米。具备产前筛查、产前诊断、新生儿疾病筛查和阳性病例随访及诊疗的服务能力，对神经管缺陷、染色体异常、严重单基因疾病、严重代谢和内分泌疾病、听力障碍、明显结构异常进行诊断和相关干预的服务能力，指导县级做好婚/孕前优生健康检查、产前筛查、新生儿疾病筛查，并接收辖区出生缺陷筛查阳性病例转诊，具有区域出生缺陷监测、技术指导能力。